在氣相色譜儀使用過程中，檢測器有時受固定相流失及樣品中的高沸點成分、易分解及腐蝕性物質的作用而被污染，以至不能正常進行工作，因而會遇到如何清洗檢測器的問題。若污染的物質僅限于高沸點成分，通常可將檢測器加熱至使用溫度上限后，再通入載氣，就可清除。如用加熱法不適宜，也可以用純的丙酮等溶液從進樣口注入（每次可注入幾十微升）進行清洗，這在污染程度較輕時是有效的。

  若以上方法都不能解決污染問題，應將檢測器拆卸下進行清洗，先選擇適宜溶劑，要既能溶解污染物，又不能損壞檢測器，用注射器注入測量池進行清洗。若有條件，用超聲波清洗就更理想些，要注意的是：清洗過的部分不能用手摸。

  當污染不太嚴重時，可不必卸下清洗，此時只需要將色譜柱取下，用一根管子將進樣口與檢測器聯接起來，然后通載氣并將檢測器爐溫升至120度以上，從進樣口先注入20微升左右的蒸餾水，再用幾十微升丙酮或氟里昂等溶劑進行清洗。在此溫度下保持1-2小時檢查基線是否平穩，若仍不滿意可重復上述操作或卸下清洗。

  當污染比較嚴重時，必須拆卸下來清洗。先拆卸收集極，正極，噴嘴等，若噴嘴是石英材料制成的，先將其放在水中進行浸泡過夜。若噴嘴是不銹鋼等材料制成，則可與電極等一起，先小心用細砂紙（300-400#）打磨，再用適當溶劑（浸泡如甲醇與苯1：1），也可以用超聲波清洗，然后用甲醇洗凈，放置于烘箱中烘干。注意勿用含鹵素的溶劑（如氯仿、二氯甲烷等）。以免與聚四氟乙烯材料作用，導致噪聲增加。

  洗凈后的各個部件，要用鑷子夾取，勿用手摸。烘干后裝配時也要小心，否則會再度污染。裝入儀器后，先通載氣30分鐘，再點火升高檢測器溫度，建議先在120度保持數小時之后，再升至工作溫度。